qsub

polecenie qsub wysyła zadanie do systemu kolejkującego (np. qsub skrypt), które otrzymuje unikatowy numer (tzw. job-id).
Przykładowa postać pliku skrypt:

#PBS -N nazwa
#PBS -q kolejka
#PBS -l zasoby
#PBS -j oe
zadanie
Wszystkie informacje przekazywane do systemu kolejkującego w skrypcie muszą zacząć się od znaków #PBS, po których można użyć różnych opcji:

• -N definiuje nazwę zadania; brak tej opcji powoduje, że nazwą zadania jest początkowy ciąg znaków ze skryptu,
• -q definiuje kolejkę, w ramach której zadanie ma być wykonane; brak tej opcji powoduje, że zadanie będzie uruchomione w ramach kolejki domyślnej,
• -l definiuje użycie różnych zasobów:
• nodes, np. nodes=4 oznacza użycie 4 węzłów, na których będzie wykorzystane po 1 rdzeniu, nodes=2:ppn=5 oznacza użycie dwóch węzłów, na których będzie wykorzystanych po 5 rdzeni,
• walltime, np walltime=2:15:40 oznacza wykonanie zadania maksymalnie w czasie rzeczywistym 2h 15m 40s,
• mem, np mem=320 kb oznacza użycie pamięci wielkości 320kB,
• -j powoduje połączenie strumienia outputu i błędów w jeden plik o standardowej nazwie: nazwa.ojob-id; brak tej opcji spowoduje utworzenie dwóch plików: nazwa.ojob-id oraz nazwa.ejob-id,
• o pozostałych opcjach można dowiedzieć się z pomocy do polecenia (man qsub).

Poniższy przykład skryptu wysyłanego do kolejki:
#PBS -N test-1
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=3:ppn=4, walltime=2:00:00
#PBS -j oe
#PBS -o test.o
zadanie
definiuje następujące warunki zadania:

1. zadanie będzie miało nazwę test-1
2. zadanie będzie uruchomione w kolejce batch
3. do wykonania będą potrzebne trzy węzły, na każdym z nich będą zajęte 4 rdzenie
4. zadanie będzie się wykonywało maksymalnie przez 2 godziny
5. strumień błędów będzie dołączony do strumienia outputu
6. wynik działania skryptu będzie zapisany w pliku test.o